La idea de crear un Instituto interamericano que fuera el centro de estudios, acción y difusión de todas las cuestiones relativas a la niñez, surgió del eminente pediatra uruguayo Dr. Luis Morquio. Durante el Segundo Congreso Americano del Niño, realizado en Montevideo en 1919, el Dr. Morquio presentó una ponencia en la que proponía la creación de una Oficina Internacional Americana de Protección a la Infancia. Esta propuesta fue retomada en el Tercer Congreso Americano del Niño, realizado en Río de Janeiro en 1922, en el que se apoyó la creación de “una Oficina Internacional Americana de Protección a la Infancia, semejante a la que existe en Bruselas".

El 24 de julio de 1924, el Consejo Nacional de Administración del Uruguay creó la mencionada Oficina, con la Dirección Honoraria del Dr. Morquio, que se formalizó en el IV Congreso celebrado en Chile en octubre de ese mismo año, con el nombre de Instituto Internacional Americano de Protección a la Infancia, fijándose su sede en la ciudad de Montevideo, Uruguay.

Tres años después, el 9 de junio de 1927, diez países de América (Argentina, Bolivia, Brasil, Cuba, Chile, Ecuador, Estados Unidos de Norte América, Perú, Uruguay y Venezuela) suscribieron el Acta de fundación del Instituto.

En el acto académico de inauguración se escucharon discursos de los miembros del Consejo Internacional y de autoridades nacionales. Entre ellos, se destaca el del Ministro de Instrucción Pública, Enrique Rodríguez Fabregat, quien se refirió a la inauguración del Instituto Internacional Americano de Protección a la Infancia "como la obra más trascendente y generosa de nuestro tiempo".

En el año 1949, el Instituto se integró a la Organización de los Estados Americanos (OEA) como Organismo Especializado, siendo éste un paso fundamental para su posterior consolidación como referente técnico a nivel regional en materia de niñez y adolescencia y como organismo articulador, de búsqueda de consensos y compromisos de los gobiernos.